プロリンリッチ配列の結合: SH3 ドメイン（領域）

Pro-rich Sequence Binding: SH3 Domain

The C-terminal SH3 domain of SEM-5 bound to mSOS peptide (red).

ドメインの結合および機能

Src 相同性3（Src-homology 3, SH3）ドメインは、最小のコンセンサス配列であるプロリン-X-X-プロリン（Pro-X-X-Pro）で、左巻きのポリ-プロリンII 型（poly-Pro type II）を形成するプロリンリッチな（プロリンを多く含む）ペプチドに結合する。通常、脂肪族の残基がそれぞれのプロリンの前にあり、それぞれの脂肪族-プロリンの組合せがSH3 ドメインの疎水性のポケットに結合する。原則として、リガンドは両方向に結合することができる。その他のプロリン以外の残基（多くの場合、アルギニン）がSH3 ドメインと接触し、結合の核を作ることができる。普通、そのようなペプチドはµM の範囲のKd を示しながらSH3 ドメインに結合する。この結合の親和性および特異性は、SH3 ドメイン上のループを含む三次的な相互作用によって著しく上昇する。

参考文献

  1. Lim, W.A. et al. (1994) Nature 372(6504), 375–379.

例: ドメインタンパク質

Pro-rich Sequence Binding: SH3 Domain

例: ドメインタンパク質と結合パートナー

SH3 Domain Proteins Binding Partners SH3 Domain Binding Sites
Src Tyrosine Kinase p85 subunit of Pl3 kinase RPLPVAP Class l N-terminal to C-terminal binding site
Crk Adaptor Protein C3G guanidine nucleotide exchanger PPPALPPKKR Class ll C-terminal to N-terminal binding site

翻訳監修: 大阪薬科大学 生体防御学研究室 天野富美夫先生

Reference