Enzyme-based Chromatin Digestion vs. Sonication-based Chromatin Fragmentation
酵素消化とソニケーション法を採用しているChIPキットを用いて、クロマチンを断片化しました。クロマチンは、SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit（Magnetic Beads）#9003および他社のソニケーション法を採用しているChIP キットに添付されたプロトコールに従い、ヒト結腸直腸ガン細胞（HCT116、4 x 107個）から調製しました。DNAはクロマチンサンプル毎に精製し、DNAフラグメントのサイズは、1%アガロースゲルを用いた電気泳動により解析しました。CST社のSimpleChIP®キットによる酵素消化（lane 1）と他社のキットによるソニケーション処理（lane 2）の両方において、ヌクレオソーム1-5量体に相当する150-700 bpのクロマチンが生成されました。
クロマチン免疫沈降（ChIP）特集パンフレットPDF 1.3 MB
CST社とNEB社で共同開発しました、SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IPキットは、最高品質の研究用試薬で構成されています。ChIPアッセイ30回分に必要な全てのバッファーと試薬が含まれており、プロテインGアガロースビーズ（#9002）およびプロテインG磁気ビース（#9003）のキットをご用意しています。
キットに含まれる各試薬は、CST社製品の規格試験でも使用しており、最適化する手間を省けます。同製品は、哺乳類細胞の内在性レベルのタンパク質－DNA相互作用やヒストン修飾を検出するCST社ChIP用抗体と共にご使用いただけます。また、各ビーズは別途ご購入いただくことも可能です。
MNase酵素消化の利点
- 酵素処理は、ソニケーションより穏やかにクロマチンを断片化しますので、クロマチンとエピトープを傷つけず、免疫沈降の効率を向上させます。
- 免疫沈降効率の向上により、DNAに結合したタンパク質の検出能が高くなります。
- 標的DNAの検出効率の向上により、試料、時間、試薬の無駄を省けます。
- 酵素消化は、転写因子や補因子と結合したDNAを検出するのに不可欠な、低いバックグラウンドと高い検出能を実現します。
Example A: PCR primers are specific for the transcriptionally active GAPDH and c-MYC genes and the inactive MYT-1 gene.
Example B: PCR primers are specific for known TCF4 binding sites in the CAMK2D and c-MYC genes, and a region of the MYT-1 gene that does not contain a TCF4 binding site.
SimpleChIP™ digested chromatin is more conducive to immunoprecipitation than sonicated chromatin. Chromatin immunoprecipitations were performed with 10 μg of cross-linked HCT116 chromatin and the indicated antibodies, using SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9003 or a competitor’s sonication-based ChIP Kit. The enriched DNA was quantified by qPCR. The amount of immunoprecipitated DNA in each sample is presented as a percent of the total input chromatin. For every target tested, enzyme-digested chromatin showed better enrichment of target DNA loci than did sonicated chromatin.