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RNA Polymerase II Subunit B 1 (Rpb1) 抗体

特徴と利点

  • 実験のコントロール:Rpb1 NTD抗体は、CTDのリン酸化状態に関わらず、Total Rpb1のデータを取得できます
  • 抗体の特異性:他のリン酸化部位と交差性はありません*
  • ラビットモノクローナル抗体:高いロット間の一貫性があります
  • 最適化されたプロトコール:ChIPを含む重要なアプリケーションに対し提供しています

*Rpb1のSer2、Ser5、Ser7、Ser2/Ser5のリン酸化を対象に交差性を検証しています

Rpb1抗体

下記リストでは、製品情報とそれぞれのリン酸化に関連性のある転写サイクルステージをご紹介します。
P = Pre-initiation, I = Initiation, E = Elongation, T = Termination

NoNameApplicationsReactivityPIET
13499 Phospho-Rpb1 CTD (Ser2) (E1Z3G) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, M, R, Mk, (Hm, Dm, X, Z, B, Pg, Sc, Ce)     X X
13523 Phospho-Rpb1 CTD (Ser5) (D9N5I) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, M, R, Mk, (Hm, Dm, X, B, Pg, Sc, Ce)   X X  
13546 Phospho-Rbp1 CTD (Ser2/Ser5) (D1G3K) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, M, R, Mk, (Hm, Dm, X, Z, B, Pg, Sc, Ce)     X  
13780 Phospho-Rpb1 CTD (Ser7) (E2B6W) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, M, R, Mk     X X
14958 Rpb1 NTD (D8L4Y) Rabbit mAb WB, ChIP H, M, R, Mk, (Hm, B) X X X X

関連製品

NoNameApplicationsReactivity
13440 BRD4 (E2A7X) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, (B, Dg, Pg)
81464 Cyclin T1 (D1B6G) Rabbit mAb WB, IP, ChIP H, M, R, Mk

抗体の性能

#14958 Rpb1 NTD (D8L4Y) Rabbit mAbは、ChIPの比較データにおいて、他社のポリクローナル抗体よりも感度が高いことがわかります

CHIP_14958

#9003 SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) と4x106細胞のHeLa細胞から抽出しクロスリンクしたクロマチン、#14958もしくは他社のポリクローナル抗体を2 µg、各遺伝子座に設計されたプライマーそれぞれを用い、ChIPを行いました。

リン酸化特異的なRpb1ラビットモノクローナル抗体は、他のリン酸化部位とは交差しません

13546_Peptide-Blot-1

ペプチドドットブロット法による解析は、リン酸化Rpb1 CTD抗体の特異性を示します。

コーティングされたRpb1 CTDペプチドに結合した抗体:

ChIP-SeqのデータがRpb1抗体の特異性を示しています

ChIP-Seq

#9005 SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) を用いてHeLa細胞でChIPを行いました。ライブラリはNEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina® E7370Sを用いて作製しました。DNAライブラリはIllumina NextSeq 500 Sequencerを用いてシーケンスし、得られた配列はUCSC Human Genome Assembly (hg19) にマッピングしました。Integrated Genomics Viewer (IGV) によって可視化したデータでは、Ser5がリン酸化されたRpb1は転写開始点に濃縮され、Ser2とSer7がリン酸化されたRpb1は転写領域部分に観察されました。Rpb1 NTD抗体とインプットDNAのトラックは、コントロールとして示しています。

背景について追加情報

RNA polymerase II subunit B1 (Rpb1) は、RNA polymerase II (RNAPII) 最大のサブユニットで、特異なヘプタペプチドをC末端ドメイン (CTD) に含み、翻訳後修飾のパターンによってRNAPIIの機能を制御します。転写が開始すると、リン酸化されるRpb1 CTD配列の残基に応じて、クロマチンリモデリング酵素やRNAプロセシングタンパク質がリクルートされ、RNAの転写が加速されます。

Rpb1-CTDtail

上図にはRpb1 CTDアミノ酸配列のリン酸化部位を示しています。

Rpb1 CTDのリン酸化状態は、転写サイクルのステージを制御するコードとして働きます。Ser5のリン酸化は、遺伝子プロモーターからRNAPIIを切り離し、RNAキャッピング酵素とメチルトランスフェラーゼをリクルートします。さらにSer2のリン酸化は、転写伸長複合体を安定化し、RNAスプライシング因子とポリアデニル化因子をリクルートします。

Rpb1-Transcription-Cycle-recreated-1

Rpb1 CTDのSer2およびSer5のリン酸化は、遺伝子の転写およびRNAの分離制御を担います。転写活性化時に観察されるSer7のリン酸化は、タンパク質をコードする遺伝子内から転写される特異なプロセスを持った核内低分子RNA遺伝子の転写に必要とされます。

Rpb1特異的抗体を用いたクロマチン免疫沈降 (ChIP) では、 網羅的に転写事象を同定することができます。Rpb1のCTDでは転写ステージに応じて特定のセリンのリン酸化が起こる一方で、Rpb1のN末端ドメイン (NTD) はCTDの様々な部位がリン酸化を受けても干渉されないため、DNAに結合したRpb1の確かな実験コントロールとなり得ます。

RNA Polymerase II Subunit B 1 (Rpb1) 抗体

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