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SimpleChIP®キット

 前のページに戻る クロマチン免疫沈降 (ChIP)

ソニケーション法と酵素法:断片化方法で選べる2つのChIPキット

ソニケーション法はChIPのクロマチン調製における一般的な断片化方法です。しかしながら、ほとんどのプロトコールでクロマチンを変性させるような条件下 (高温、界面活性剤、剪断力) での処理が必要となり、これにより抗体のエピトープがダメージを受けたりクロマチンの完全性が保てなかったりする可能性があります。

CSTは、このような従来のソニケーション法で生じている問題を回避する、下記の2つの選択肢をご提案します。

  • ソニケーション法:CSTのソニケーション法プロトコールは、特別に調製した細胞と核の溶解バッファーを採用しています。これにより抗体のエピトープやクロマチンが保護されるため、ChIPの効率が向上し、不安定でDNAとの結合が弱いターゲット (転写因子やコファクター) のChIPでもソニケーション法が使用できるようになりました。
  • 酵素法:酵素消化はクロマチンを断片化するもう一つの方法で、Micrococcal Nucleaseを用いてヌクレオソームのリンカー領域を切断します。この方法は、転写因子やコファクターを含むすべてのターゲットタイプのChIPで使用することができます。また、クロマチンの過剰な剪断や抗体のエピトープの変性を防ぐことが容易なため、これからChIP実験を始められるお客様にオススメの方法です。

CSTのSimpleChIP®キット (ソニケーション法と酵素法) と従来のソニケーション法のキットを比較しました。ヒストン修飾をターゲットとするChIPでは同等の結果が得られましたが、転写因子やコファクターをターゲットとするChIPではSimpleChIP®キットでより高いシグナルが得られました。

クロマチンをクロスリンクし、Micrococcal Nuclease (水色)、CSTのソニケーションバッファー (赤)、そして従来のソニケーションバッファー (緑) を用いて断片化したのち、各抗体の免疫沈降に使用しました。DNAは、#9005 SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) のChIP-seq用プロトコールにより調製しました。

CSTコード品名クロマチンの
断片化方法
ビーズサンプルアプリケーション
培養細胞組織ChIP-qPCRChIP-seq
#56383SimpleChIP® Plus Sonication Chromatin IP Kit (Magnetic Beads)ソニケーション法磁気ビーズYesYesYesYes
#9005SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads)酵素法磁気ビーズYesYesYesYes
#9003SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads)酵素法磁気ビーズYesNoYesYes
#9004SimpleChIP® Plus Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads)酵素法アガロースビーズYesYesYesNo
#9002SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Agarose Beads)酵素法アガロースビーズYesNoYesNo

キットの構成品の単品販売リストはこちらからご確認ください

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