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PTMScan®プロトコール関連製品

プロテオミクス実験をサポートするため、以下の検証済みのプロトコール関連試薬を取り揃えております:
  • マウスコントロールペプチド:LC-MS/MSシステムのパフォーマンスについて、ラン間の差異を確認するために用いられます。
  • IAPバッファー:免疫アフィニティー精製前の凍結乾燥ペプチドの再懸濁に使用します。
  • AQUA™ペプチド:マーカータンパク質やPTMペプチドの厳密な同定および定量に使用します。

マウスコントロールペプチド

マウス肝臓を酵素消化し、精製・凍結乾燥したペプチドです。消化酵素にトリプシンを使用した#12219と、Lys-Cを使用した#12148があります。弊社ウェブサイトでPTMScan®キットを用いて解析した社内検証データを公開しています。そのデータとお客様がコントロールペプチドで得られたデータを比較することで、LC-MS/MSシステムの性能を確認できます。

IAPバッファー

PTMScan® IAPバッファーは、免疫アフィニティー精製前の凍結乾燥ペプチドの再懸濁に使用します。PTMScan®キットに含まれますが、#9993として単品でも販売しています。

AQUA™ペプチド

AQUA peptides as identity standards for post-translational modifications.

翻訳後修飾 (PTM) 部位を決定するための標準としてのAQUA™ペプチドの使用:青で示した上側のクロマトグラムは、Metプロテインキナーゼのトリプシン消化産物のうち、活性化ループに由来するアミノ酸配列 (DMYDKEYYSVHNK) に対応するイオンの溶出時間を表しています。早い溶出ピークがTyr1234がリン酸化されたペプチド、後ろの溶出ピークがTyr1235がリン酸化されたペプチドに相当します。これは、下の波形 (オレンジ) で示すTyr1234がリン酸化されたAQUA™ペプチドが、後ろの溶出ピークではなく、早い溶出ピークと共溶出することから確認できます。

安定同位体ラベルされた内部標準ペプチドであるAQUA™ペプチドを特注にて合成いたします。マーカータンパク質や翻訳後修飾 (PTM) を受けたペプチドの厳密な同定および定量に使用します。AQUA™ペプチドは古典的な同位体希釈法 (定量的質量分析のゴールドスタンダード) を利用したタンパク質とPTMマーカーの解析に使用できます。CSTは、高品質な特注AQUA™ペプチドの合成を専門にしており、難易度の高い配列や珍しい翻訳後修飾についても承ります。私たちは数百種類の合成AQUA™ペプチドを在庫しており、新しいAQUA™ペプチドの合成および品質管理におよそ4-6週間かかります。

それぞれのAQUA™ペプチドは、細胞のタンパク質抽出物をプロテアーゼ消化して得られるペプチド配列をもとに合成されており、少なくとも一つの安定同位体を含みます。例えば、C12の代わりにC13、N14の代わりにN15を使用します。AQUA™ペプチドは、細胞サンプルに由来するペプチドと同じ性質を持ちますが、わずかに質量が大きくなります。よって、AQUA™ペプチドと細胞サンプルを混合して液体クロマトグラフィーなどで分離すると、AQUA™ペプチドと内在性のパートナーペプチド (同一配列のカウンターパート) は一緒に分画化されてきますが、それに続く質量分析では、 (重い) AQUA™ペプチドと (軽い) 内在性ペプチドを質量で分離することができます。

CSTの研究者はAQUA™ペプチドの技術開発に携わりました (Gerber SA, Rush J, Stemman O, Kirschner MW, Gygi SP (2003) Absolute quantification of proteins and phosphoproteins from cell lysates by tandem MS. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100(12), 6940–5.)。私たちや多くの研究者が、PTMサイトの確認のためにAQUA™ペプチドを日常的に使用しています。液体クロマトグラフィー (LC) でAQUA™ペプチドと内在性ペプチドが共溶出されることは、内在性ペプチドの配列とPTMサイトの位置が正確に同定できていることを示す強い証拠となります。さらに、AQUA™ペプチドのLCピーク面積と比較することで、PTMサイトを含む内在性ペプチドの量を絶対的にもしくは相対的に定量することができます。

 

特徴と利点

  • AQUA™ペプチドは、細胞タンパク質の分解産物のアミノ酸配列に基づいて設計されています。トリプシンの消化産物の配列が使用されるのが一般的です。AQUA™ペプチドは非修飾にもできますが、リン酸化、アセチル化、メチル化そしてユビキチン化といった翻訳後修飾を付加することも可能です。
  • AQUA™ペプチドは、通常C13とN15でラベルされたアミノ酸 (Leu、Pro、Val、Phe、Tyr) を用いて合成します。お客様の研究プロジェクトに合ったラベル方法の選択をお手伝いいたします。
  • 全てのAQUA™ペプチドは逆相液体クロマトグラフィーによって精製され、アミノ酸分析によって厳密に定量されています。

詳細は、弊社までお気軽にお問い合わせください。

 

References

 

Legal Usage Statement

I. NOTICE to NOT-FOR-PROFIT or ACADEMIC PURCHASER

Purchase of this peptide product includes a license to use this product in the practice of methods described in United States Patent Application Ser. No. 60/312,279 and PCT US02/25778 (Gygi et al., Harvard University; PROTEIN-AQUA™ methodology/technology) for research purposes only, and the purchase price includes an allowance for payment to Harvard University of its standard royalty for such license. Licenses for the practice of the methods for other non-research purposes may be sought directly from the owner of the technology:

Harvard University
Office of Technology Licensing
Building A, Room 414
25 Shattuck Street
Boston, MA 02115

II. NOTICE to FOR-PROFIT PURCHASER

The purchase of this peptide product does not include a license to use this product in the practice of methods described in United States Patent Application Ser. No. 60/312,279 and PCT US02/25778 (Gygi et al., Harvard University; PROTEIN-AQUA™ methodology/technology). Licenses for the practice of such methods must be sought directly from the owner of the technology:

Harvard University
Office of Technology Licensing
Building A, Room 414
25 Shattuck Street
Boston, MA 02115

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